Даже если сотрудник работает удаленно, работодатель должен компенсировать ему расходы на командировку в общем порядке — так же, как и обычному работнику (ст. 168, ч. 4 ст. 312.1, ч. 3 ст. 312.6 ТК РФ, Письмо Минфина России от 23.07.2021 N 03-04-05/59241). О порядке удержания НДФЛ с различных видов выплат при командировках читайте выше.
Однако есть одна особенность: командировкой будет считаться также поездка работника к работодателю, если его офис расположен в другом городе (за пределами административно-территориальных границ того населенного пункта, где он постоянно работает). А это значит, что в этом случае также нужно выплачивать командировочные (Письма Минфина России от 23.07.2021 N 03-04-05/59241, от 08.08.2013 N 03-03-06/1/31945, Роструда от 15.07.2021 N ПГ/19582-6-1).
Более подробно с данным материалом Вы можете ознакомиться в СПС КонсультантПлюс